支气管镜检查过程中有可能出现以下危险，例如在插管过程中因插入不顺利或麻醉不够，导致患者不能更好配合检查而发生喉头水肿，严重者还有可能出现窒息感。在插入支气管镜过程中刺激患者出现心律失常、心肌缺血，少数患者还可发生心脏骤停。
此外，部分患者还可以诱发其发生严重支气管痉挛，而出现喘闷、呼吸困难等表现，此些危险多见于那些有慢性心肺疾病的患者。部分患者还可以出现缺氧和气道出血等并发症。有时在支气管内活检或介入治疗，有咯血或局部支气管穿孔形成气胸的风险。
虽然支气管镜有一定的危险，但总体上其是一个相对于安全、有效的微创操作。