肛瘘总体的复发率大约在10%-15%左右，不同类型的肛瘘，其复发概率也不相同。比如低位单纯性肛瘘，由于瘘管位置低容易探查，所以其术后复发率在1%以下。而对于低位复杂性的肛瘘，其复发概率会有所增高，但一般也在5%以下。
但是对于高位肛瘘以及高位复杂性肛瘘，其术后复发率就会大大的提高，临床统计其复发率可以达到20%甚至更高，肛瘘术后复发主要是因为术中遗漏瘘管或者内口的处理。
所以对于高位肛瘘应完善术前检查，特别需要做肛门周围核磁共振检查，以尽可能的明确内口的位置以及数量和瘘管的走形，降低术后复发率。