肛周脓肿容易复发，可能是因为脓肿的内口未得到有效的处理，不能自行愈合，而且还会反复发生感染，从而使肛周脓肿反复发作。
这种情况一般常见于瘘管性的肛周脓肿，而非瘘管性的肛周脓肿不与肛内相通，只要脓腔溃破后很快就会愈合，不会复发。
所以在患了瘘管性肛周脓肿之后，如果只进行抗感染治疗，肛周脓肿的感染症状可能很快就能被控制住，但停止抗感染治疗后，感染的症状还会再次复发。只有进行肛周脓肿根治术，才能使肛周脓肿不复发。