导致肛周脓肿经常复发的原因是肛周脓肿有内口存在，也是肛周脓肿的感染源头。
一般是位于肛门齿状线的肛隐窝内，少数患者也有可能位于直肠黏膜。由于肛周脓肿有内口，而且内口与脓腔之间有管道相通，导致肠道内的细菌以及粪便等等感染物质通过内口进入肛周脓肿的脓腔内，而引发脓腔内出现反复的感染。
当脓腔内积脓压力增高时，脓液就可能通过内口流出。从而局部症状逐渐缓解，后期会再次反复出现类似的症状，所以导致患者经常复发。