食管癌无传染性，但是有一定的遗传易感性及家族性，目前还不清楚导致食管癌的具体因素。食道癌发生在食道细胞的DNA出现错误突变时，这些错误使细胞生长和分裂失去控制，增殖形成一个肿瘤，并侵入附近的结构，扩散到身体的其他部位。
目前认为食管的慢性刺激，可能导致食管癌的发生。
引起食道细胞刺激和增加食道癌风险的因素包括：胃食管反流病、吸烟、食道癌的癌前病变、肥胖、饮酒、胆汁反流，由于食道括约肌不能放松而吞咽困难、贲门失弛缓症、还有喝非常热的液体的固定习惯、水果蔬菜吃得不够、接受胸部或上腹部放射治疗。