先天性喉喘鸣的患儿在治疗后是否会有后遗症，需要根据治疗的情况判断。
如果患儿在出生后，遵医嘱按疗程补充了维生素D和钙质，同时在合适的年龄例如2~3岁左右，正常地接受了手术矫正治疗，一般是不会有严重的后遗症出现。
但如果先天性喉喘鸣患儿的症状比较严重，在没有条件进行手术时，为了恢复正常的呼吸功能，通过气管切开等方式进行了处理，则有可能会引发患儿在治疗后出现咽喉切开部位的疤痕、咽喉干痒等后遗症，此时需要积极地对症处理。