舌咽神经常因外伤、骨折或肿瘤压迫等造成神经的损伤，临床上也有无明确病因，造成舌咽神经分布区的阵发性剧痛，称为原发性舌咽神经痛。
舌咽神经主管腮腺分泌，损伤后的主要表现为腮腺分泌减少。舌咽神经管控舌后1/3的味蕾，损伤后舌后1/3味觉丧失。舌咽神经分布于咽鼓管、软腭、舌后1/3、鼓室等处的粘膜，损伤后，咽反射减弱或消失，咽与舌后感觉障碍。肿瘤侵犯舌咽神经，可造成舌咽神经感觉分布区的疼痛，或舌咽神经麻痹、感觉不良。