巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上，在卵巢的皮质内生长而引起。具有活性的子宫内膜在卵巢内周期性的生长，形成单个或者多个的囊肿。
卵巢巧克力囊肿是因为异位在卵巢的粘膜组织引起的囊肿，所以一般会出现周期性腹痛等不适症状。
因随月经周期变化，一般巧克力囊肿会逐渐增大，等增大到一定程度的时候，囊腔压力大时，巧克力囊肿会自发破裂，引起盆腔甚至腹腔子宫内膜异位病灶的发生。而且巧克力囊肿容易导致不孕，一般都建议予以药物治疗或手术治疗。