首先在临床上一旦诊断为肛周脓肿，建议早期手术治疗。因为肛周脓肿单纯使用抗生素进行治疗，有时候不仅不能控制炎症，反而会使脓肿向深部蔓延，并导致感染加重。而且脓肿如果不及时治疗或者方法不恰当，很容易自行破溃而导致肛瘘形成。
因此，治疗上主要是以手术治疗为主。手术治疗方面：如果患者有切开挂线条件者，可以考虑进行切开挂线术，这样可以一次性治疗肛周脓肿，避免了形成肛瘘后再次进行第二次手术的痛苦。如果没有切开挂线条件者，可以直接进行切开引流术。如果是低位肛瘘性脓肿，可以进行内口切开术。