肛周脓肿微创治疗效果较好，治愈率高。
其手术方式多是切开引流，在波动明显处作小切口，排出脓液后，用食指探查分离脓腔。通过指检寻找感染内口，沿探针切开各层组织，将内口切除，清除脓腔内坏死组织，切口修剪，保持引流通畅顺利，以双氧水冲洗脓腔，填塞油纱条引流。
术后静滴抗生素，每日坐浴，便后及时换药至痊愈。低位肛周脓肿范围小，局限性好的脓肿，以注射器穿刺抽脓。减轻脓腔张力、肛周胀痛，跳痛感立即消失。术后热水或者高锰酸钾坐浴，服用抗菌药物，痊愈标准为肛周痛感且无压痛，炎性硬结多持续存在多日。