肺心病头痛时多需要针对其具体的病情予以对症处理，肺心病头痛多是因为慢性呼吸衰竭引起。对于此类有慢性缺氧和二氧化碳分压升高的患者，多要予以低流量吸氧，严重二氧化碳潴留还需要行呼吸机辅助呼吸治疗，待呼吸衰竭好转头痛症状亦会减轻和消失。
此类患者有时还需要联合支气管扩张剂，起到解痉、平喘的作用。还要积极治疗引起肺心病的原发疾病，例如慢阻肺。如果肺心病继发了高血压而导致血管性头痛，还需要口服降血压药来控制血压稳定。
部分肺心病因继发心力衰竭或伴有肺部感染发热时，亦需要针对其原因予以对症的治疗。