功能性胃肠病和器质性心脏病没有关系。
功能性胃肠病患者主要的临床表现以消化道症状为主，可以有腹痛、腹胀、恶心、早饱、食欲不振，也可以有腹泻、便秘，但相关检查未见明显异常。
但是功能性胃肠病中可以有功能性胸痛，需要与心脏病中的心绞痛鉴别诊断。功能性胸痛的病人心电图、冠脉造影一般没有明显的缺血性改变。
此外功能性胃肠病的患者多合并有焦虑、抑郁状态，这些病人也会有心悸、胸闷、憋气等症状，但相关检查没有器质性改变，被称为心脏神经症。此时需要应用抗焦虑、抗抑郁药物治疗才能改善症状。