肺出血-肾炎综合征的并发症与患者的病情有关。
患者因肺出血严重可以出现大量咳血或持续的咳血，从而导致缺铁性贫血的形成。对于反复咳血的患者，还可以导致肺泡内含铁血黄素沉积增加，可以形成肺部结节和纤维化。部分严重患者可以导致肺弥散功能下降，而出现不同程度的低氧血症。少数严重患者可以并发I型呼吸衰竭。此类患者多伴有肾脏的损伤，可以继发相应的肾病。部分患者可以出现蛋白尿、尿毒症、低蛋白血症等并发症。
故针对肺出血-肾炎综合征的患者要积极防治上述的并发症，来改善其病情以及预后。