哺乳期乳管瘘的病因从临床上看是由于乳头发育不良，导致输乳管堵塞的免疫性反应。通常乳汁淤积导致细菌侵入输乳管并大量繁殖，是哺乳期乳管瘘主要的发病因素。
其次，有些患者有乳头内陷的症状，这会使局部无法保持清洁，从而引起细菌感染，也是乳管瘘的病因之一。
再者，导管扩张使鳞状上皮从导管口向內部延伸，覆盖导管内壁上，其角化鳞屑及脂质分泌物阻塞导管，细菌侵入也会引发感染。感染后引起引流不畅，形成乳晕旁脓肿，继而破溃或引流后形成瘘管。如果已经确诊，建议早日接受手术治疗。