要防止先天性肺囊肿感染，首先应该避免呼吸系统的感染反复发生。平时要注意保暖，出现呼吸系统的感染，要进行及时的治疗，不要拖延，甚至延误，而造成感染加重。如果引发肺囊肿的感染，则会有更加严重的后果。
另外，要进行适当的体育锻炼、高蛋白的饮食、增强体质、提高机体的免疫力。
对于先天性肺囊肿感染反复发生的病人，除了应该积极的控制感染以外，也要进行详细的检查。对于能够手术的，还是要进行积极的手术治疗。药物治疗一般只能缓解症状，并不能根治。