肝脓肿的治疗主要是治疗原发病灶及大量使用抗生素和全身对症支持治疗。
可以在B超操作下行经皮穿刺排脓，操作时还注入抗生素在脓腔内，隔几天反复操作引流脓液冲洗。一般情况下，如果引流位置及脓腔缩小比较好，一般2~3周脓腔可以闭合。
还建议患者引流后，还要行B超等影像学检查，复查脓腔大小。常规的1个月以上都可以拔除引流管。肝脓肿穿刺后拔管一般情况下是有轻微疼痛，患者一般情况下不用担心，疼痛会消失地很快。