肠息肉手术也伴随着一定的并发症和后遗症，临床上最常见的是出血、胃肠道穿孔和术后感染等。
肠息肉的手术本身就属于有创手术，任何有创操作都有可能会引起术后出血的并发症，肠息肉的出血表现为便血或者黑便；部分患者肠息肉可能比较大或者基底部较深，手术者操作不熟练，就容易切除过多的软组织而造成肠道穿孔，会引起急性腹膜炎等一系列并发症。
手术后可能出现感染症状，感染既可以发生于腹部刀口，也可发生于肠道器官之间。