皮脂腺痣切除最常见的后遗症就是皮肤疤痕的产生。如果患者本身就是瘢痕体质，有可能会演变成为瘢痕疙瘩。
伤口局部的成纤维细胞发生剧烈的增生，形成比原发伤口部位更大的皮肤肿物，质地比较硬实，患者有时候可能会有疼痛感或者瘙痒感。在切除以后的头三个月可能会生长比较快。要想预防这种情况，在手术之前一定要先询问患者是否是比较容易留疤痕的体质。
另外，皮脂腺痣切除以后的后遗症也有可能是发生皮肤感染，主要与手术患者术后护理不当有关系。皮脂腺痣切除后，要预防术后的感染，谨防形成疤痕。