乳管内乳头状瘤的治疗以手术为主。对单发的乳管内乳头状瘤应切除病变的乳管系统。术前需正确定位。用指压确定溢液的乳管口。插入钝头细针，也可注射美蓝。沿针头或美蓝显色部位做放射状切口。切除该乳管及周围的乳腺组织。常规进行病理检查。如果发现有恶变，应实行乳腺癌根治术。对年龄较大，乳管上皮增生活活跃或间变者，可行单纯乳房切除术。乳管内乳头状瘤一般认为是良性肿瘤，恶变率为6%到8%。尤其这起源于小乳管的乳头状瘤应警惕其恶变的可能。一旦发现乳管乳头状瘤。应积极手术，除非身体条件不能耐受手术者。