慢性血源性骨髓炎治疗时间需要数月甚至数年。其治疗原则主要是，尽可能彻底清除病灶、摘除死骨、清除增生的瘢痕以及肉芽组织、消灭死腔、改善局部血液循环，为愈合创造条件。
要达此目的，单用药物常常不能奏效，必须采用手术以及药物综合疗法。药物治疗，首选大剂量抗生素治疗。应在伤口、窦道的附近多次取标本，做细菌包括厌氧菌的培养，以便选择有效的抗生素治疗。
凡有死骨、死腔、流脓，有充分新骨形成包壳，能支持治疗者，均应手术治疗。术前、术中和术后均应给予足量有效抗生素。