细菌性肺炎因肺炎获得的环境以及患者的基础状态不同，其常见的病原菌亦有不同。
社区获得性肺炎患者，其常见的病原菌是由肺炎链球菌、军团菌、衣原体、支原体、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、非耐药的肺炎克雷伯菌以及病毒感染。
医院获得性肺炎多是以耐药的细菌为主，例如金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、耐药的大肠埃希菌以及肺炎克雷伯杆菌。
故针对不同的致病原，多需要选用有效的抗生素抗感染治疗。对于细菌性肺炎，通常需要完善痰培养、血培养结果，尽量取得病原学的依据，指导抗生素使用，才能使细菌性肺炎更快更好治愈。