上颌窦囊肿在手术治疗的时候，需要注意下列几个方面：
1.手术之前，应当对上颌窦部位的囊肿进行CT拍片等检查，确定囊肿的病变位置以及范围等情况，为顺利地进行手术做准备。
2.手术的过程中，患者应严格配合医生进行手术操作。
3.手术之后，应该针对手术的部位进行消毒以及抗炎等的治疗，避免出现炎症感染的情况。同时，积极地预防各种上呼吸道感染疾病的发作，不要接触任何可能引发鼻部过敏的食物或者是其他物品，饮食上保持清淡。