肛瘘外口闭合后会出现疼痛、脓包，可外用消炎药膏高锰酸钾肛门熏洗坐浴，口服消炎药等方法治疗，这些方法只能暂时缓解症状。最有效的治疗方法是切开外口，放出脓液，缓解疼痛，行肛瘘根治手术。
肛瘘来源于肛管内肛窦感染，即内口，药物治疗只能缓解症状，只有通过手术才能达到治愈。
手术的目的是切除内口，切开瘘管，彻底消除感染来源，使瘘管引流通畅，新的肉芽组织从创口底部向上生长，逐渐填平创面，从而治愈肛瘘。