肛瘘的主要症状是肛周外口反复流脓。当瘘管感染、引流不畅或外口封闭、瘘管积脓、肿胀、感染时，会出现局部疼痛。
缓解疼痛可将外口处切开，引流出脓液，疼痛会减轻，配合应用抗生素治疗。用高锰酸钾进行肛门熏洗坐浴，炎症消退后疼痛消失。
经过治疗，只能暂时消除疼痛，当再次出现感染时，还会出现疼痛、反复发作。彻底治愈肛瘘只有手术治疗，手术找到并切除感染源内口，切开或切除瘘管，使创面逐渐愈合才能根除肛瘘。