生殖器有水疱还肿的原因如下：
1.如果患者存在不良的性接触，可能会感染上疱疹病毒，从而引起生殖器疱疹。疱疹体积较小、数目较多，并且还伴有疼痛肿胀等症状，传染性较强，在确诊后，应积极的进行抗病毒治疗。
2.如果患者有手淫的习惯，在手淫时用力过度就会导致生殖器皮肤上出现张力性的水泡，水泡较大里面含有轻量的泡液能够自行破裂，一般无需进行特殊治疗。
3.如果生殖器部位遭受过外伤，合并感染后可能会引起水泡，通常还伴有糜烂、渗出等症状，需进行抗感染治疗。