新生儿患败血症期间不可以接种乙肝疫苗。新生儿败血症是因为新生儿的免疫系统没有发育成熟，容易受各种的细菌感染，引起病原体侵入血液循环并进行繁殖，引起的全身炎症反应综合征。
新生儿败血症是威胁新生儿生命的一种重要疾病，胎龄越小、出生体重越低，患病的几率也越大。乙肝疫苗是通过特殊的方法分离制备的乙肝表面抗原，或者具有乙肝病毒表面某些有效蛋白，进入机体以后刺激机体的免疫细胞而产生保护性抗体，在机体再次接触乙肝病毒的时候，这种抗体可以直接清除病毒起到保护机体的作用。
炎症感染急性期患儿的免疫力下降，不建议接种。