鼻窦黏膜囊肿一般不会发生恶变。这主要是因为鼻窦黏膜囊肿的发病情况以及发病病因所决定。
首先，引发鼻窦黏膜囊肿的病因，主要是鼻窦腔内长时间存在的慢性炎症感染或者是反复的鼻变态反应，导致的鼻腔黏膜内的黏液腺出现了阻塞的现象，从而引发了分泌物滞留堆积造成。这种发病病因与鼻腔内或鼻窦腔内的恶性疾病的发病病因，并没有直接的关联。
其次，鼻窦黏膜囊肿在发病后，通常体积较小，生长的速度也非常缓慢，因此不具备恶性的特征。