肠结核做肠镜检查能发现。肠结核的病灶常位于回肠末段和附近的结肠，做电子结肠镜检查，可以在镜下直接观察到病灶处溃疡的大小、形态等，这种溃疡一般呈现圆形或椭圆形，形态比较规则。
还可以在镜下取活组织做病理检查，当病理结果提示为干酪样肉芽肿时，可以明确肠结核的诊断。诊断明确后，需要及时规范抗结核治疗，在服用异烟肼、利福平等抗结核药物的过程中，要注意监测肝功能，定期复查肝功能、血常规等。
此外，肠结核患者往往比较消瘦，注意加强营养，避免出现营养不良。