巧克力囊肿要吃药，必要时可以试一试短效避孕药，或者孕三烯酮等药物来帮助抑制雌激素的作用，抑制巧克力囊肿的发生、发展，用药常常选择的是注射药剂，比如亮丙瑞林等，但是在停药后常常也是会反弹的。
在育龄期治疗巧克力囊肿是并不存在特效的药物，只要卵巢还在周期性的分泌雌激素，还在正常的有雌激素作用，卵巢巧克力囊肿就不会萎缩。
有的巧克力囊肿的患者是必须接受手术治疗的，因为巧克力囊肿也是有可能会发生变性、发生扭转、破裂、影响怀孕等。