小便肾区疼痛，多考虑可能为泌尿系结石所引起。特别是输尿管结石，容易导致突然出现小便时肾区疼痛。
泌尿系结石之所以会出现小便时肾区疼痛，多考虑是由于结石在输尿管内以及肾盂内活动时发生嵌顿，造成尿路梗阻。在排尿时由于尿液不能顺畅排出，就会引起肾区疼痛，还可能会伴有小腹部疼痛。
也可能是由于结石的存在，导致肾盏壁和输尿管水肿，致使炎性递质明显增加，对疼痛感受器产生刺激。致使肾区的疼痛感受器被激活，也会引起反射性的肾区疼痛，还可能会伴有恶心、呕吐等消化系统方面的症状。