全飞秒手术是通过能够精准切削的全飞秒激光器，在角膜上切削出精确的透镜，然后切开一个小口，将器械伸进，把通过激光切削的透镜取出来。半飞秒是通过飞秒激光切出一个角膜瓣，将其掀起后在角膜基质层进行一个激光切削，最后将角膜瓣复位。两者的区别主要如下：
1.两者的角膜切口大小不同。全飞秒的切口大约为2mm，而半飞秒的切口大约为300°。
2.因为切口大小不同，全飞秒对眼表结构的损伤更小，而半飞秒则有可能切断角膜神经。
3.半飞秒对角膜的生物力学改变相对更多，因此全飞秒相对于半飞秒，更安全、术后恢复更快。