秋季胃肠紊乱主要通过饮食、生活、药物等方法进行调理。
饮食上注意温热食物为主，避免摄入寒凉的食物，比如冷饮等。秋季是瓜果丰收的季节，进食水果时一定要注意清洗干净，避免农药残留。而且，如果目前有腹泻的情况，要避免吃凉性的水果。平时可以喝一些小米粥、山药粥等。
要避免注意受凉，尤其是腹部受凉，容易导致胃肠道的痉挛，适当锻炼增强体质。药物方面可以服用调整肠道功能的药物，比如曲美布汀、匹维溴铵，调整肠道菌群的药物，比如金双歧等。