睾丸囊肿和精索静脉曲张两种疾病的发病机理不同。睾丸囊肿指的是睾丸内发生了囊性的病变。而精索静脉曲张指的是精索静脉淤血、回流不畅而引起的疾病。
两者的症状也不同。睾丸囊肿一般情况下症状不明显，即使有症状只是感觉到阴囊有包块。而精索静脉曲张指的是长时间站立阴囊会感觉到坠胀不适，在睾丸是摸不到包块。只是在睾丸上方精索静脉有一种囊性的包块，挤压会消失，平卧精索静脉曲张的包块、团块也会消失。
做B超也能鉴别出来，B超会显示出睾丸上有囊肿。而精索静脉曲张B超会显示出精索静脉的直径扩张、有血液反流。