肛周脓肿并不存在微创手术。肛周脓肿手术的原则就是需要将肛周脓肿的脓腔切开引流，并且切口要足够大，以保证脓腔引流通畅。也就是患者的脓腔有多大范围，手术切口就应该有多大，所以并不存在微创手术。
肛周脓肿有两种手术方式。
第一种为分期手术，手术分为两步，
第一步先单纯将脓腔切开引流，在后期发展成为肛瘘再行第二步的肛瘘根治性手术。
第二种为一次性根治术，在将脓腔切开引流的同时，寻找到肛周脓肿的内口，并一并切开，就可以防止发展成为肛瘘而需要二次手术，但手术创伤相对偏大。