区分新冠病毒和流感病毒，最主要的方法是进行核酸检测。如果是自我排查，可以通过流行病学病史和相关症状进行初步判断。
新冠病毒和流感病毒的核酸并不一样，通过咽拭子试验可以直接判断是否感染了这两种病毒。如果感染了，也能通过核酸来确定感染的是哪一种。
除此之外，新冠病毒的感染一定会存在相关的接触史，例如到过有病例报告的区域旅游，而流感病毒则一般是受凉之后。从症状看，新冠病毒的症状主要是一些肺部症状，如呼吸困难、气促；而流感病毒则往往会带来更加严重的全身症状，如持续性的高热、肌肉酸痛等。