治疗阴茎小红疙瘩的药物，需要根据诱发病因选择。
由于病菌感染引起的龟头小红疙瘩，可口服头孢类或者喹诺酮类药物。不洁性行为过程中，受到人乳头瘤病毒感染引起的小疙瘩，需要给予阿昔洛韦等具有抗病毒功效的药物治疗。另外，配合利用激光烧灼或液氮冷冻处理等，可将形成的疙瘩去除。
包皮垢污染刺激形成的单个小红疙瘩，可不需要药物治疗，用淡盐水清洗龟头即可。避免包皮垢污染，预防龟头部位红色疙瘩反复发生。做好卫生清洗以及性保护，可避免感染性疙瘩反复发生。