阴茎上有小红疙瘩的原因如下：
1.过敏反应，如果所穿的内裤材质低劣，可能会导致阴茎出现过敏反应，使阴茎局部出现小红疙瘩，通常还伴有疼痛与瘙痒的症状，在确诊以后主要是进行抗过敏治疗，并且更换棉质舒适的内裤。
2.感染因素，常见于包皮龟头炎，主要存在于包皮过长的男性群体当中，一般还伴有龟头疼痛、龟头分泌物增多、肿胀等不适症状，在确诊以后应进行抗感染治疗。
3.性传播疾病，比如梅毒所引起的硬下疳或者是软下疳，也会导致阴茎局部出现小疙瘩，并且还会出现溃疡性的改变。