会厌囊肿如果不影响吞咽，体积也比较微小，患者没有严重的临床症状。通常不需要立即进行治疗，可以暂时通过定期的复查来密切观察。
但需要注意的是，如果在观察期间会厌囊肿出现了明显的增长，或者是局部出现了感染等情况。最终影响了吞咽、呼吸等各种正常的咽部功能，就需要考虑通过手术的方式进行治疗。
如果不能接受手术切除的治疗，还可以选择对会厌的囊肿进行穿刺抽吸的处理。但穿刺抽吸后，会厌囊肿复发的几率比较高。