深夜吃东西的危害有诱发胃肠道疾病、胃肠道癌变、肥胖症、高脂血症、泌尿系统结石、糖尿病等。
深夜吃东西以后有可能导致食物在胃肠道内蓄积，使胃肠道得不到有效休息，引起消化功能下降，使食物残渣停留在胃肠道里的时间过长，就会有毒素产生，进而对胃肠道黏膜造成刺激，增加患有胃肠道疾病的几率，而且长时间刺激有可能诱发癌变。
另外，吃东西以后很快去睡觉使食物不能够及时排出体外，而且也无法及时排出尿液，会增加患肥胖症、高脂血症、膀胱结石、泌尿结石等疾病。