房间隔缺损的确切病因不是很清楚。许多临床研究资料表明遗传性疾病，孕妇在妊娠3个月内患风疹或服用沙利度胺等均可导致房间隔缺损。
在胚胎发育过程中受某种因素影响，原始房间隔在与心内膜垫融合前停止生长，形成原发孔型房间隔缺损。在原始房间隔与心内膜垫融合前，其上部逐渐吸收，吸收过多则形成继发孔缺损。
所谓房间隔缺损是指心房间隔先天性发育不全，导致左右心房之间存在缺损，形成异常交通。房间隔缺损可分为原发孔型缺损和继发孔型缺损。