胃肠炎伴低烧建议及时抑酸、护胃、补液、抗感染治疗，及时查血常规、肝肾功能、电解质、血沉、超敏C-反应蛋白、大便常规等。如果血常规提示白细胞和中性粒细胞明显升高，血沉明显增快，大便中有白细胞，可以用左氧氟沙星、莫西沙星等抗感染治疗。
如果腹泻严重，可以口服蒙脱石散、盐酸小檗碱片治疗。胃肠炎症状严重时需要及时禁食，等症状好转后逐渐过渡饮食，刚开始全流食然后逐渐过渡。
恢复后期可以用肠道益生菌制剂，比如枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、双歧杆菌四联活菌片。恢复后也要注意饮食，注意清淡、易消化饮食，避免吃变质的食物。