巧克力囊肿和饮食结构没有任何关系，所以并不存在不能吃什么的说法，也就是巧克力囊肿患者什么都可以吃。和平时一样，注意尽量营养均衡，保持食品多样化，不要过度偏食任何一种食物就可以了，并不会因为吃什么导致巧克力囊肿的出现，或者是生长迅速、发生破裂等。
检查到有巧克力囊肿，属于雌激素依赖性疾病，育龄期女性一般并不会因为用药而改变，重要的就是根据具体的情况决定治疗。这个一般吃药无效，有的人最终也只能是接受手术治疗。