肛门流脓如何治疗，要根据引起肛门流脓的疾病，进行对症治疗。
得了肛瘘会在肛门周围形成外口，外口会反复流脓或流脓血，肛瘘需要手术治疗才能根治；得了肛周脓肿会在肛周出现肿块，肿块伴有红肿和疼痛，有时会自行破溃有脓液流出，可以按时换药，抗炎治疗，使破溃处愈合，以后再出现复发再行手术治疗。也可以直接进行手术治疗，找到感染源内口，行根治手术。
内痔发展到一定程度会脱出肛门外，有时不能还纳肛门内，脱出痔核出现嵌顿，进一步发展会出现坏死和感染，痔核表面流脓，需要及时进行手术治疗。