主要还是取决患者实际的病情，肛门癌主要采取针对肛门处的病症，采取活检病理确诊。治疗主要采取手术治疗，但是手术存在根治性的手术及姑息性的手术治疗。
根治性的手术则是对于早期及没有出现转移的肛门癌的情况。需要采取乙状结肠造瘘、肛门处挖除。
姑息性的手术治疗，主要采取乙状结肠造瘘改善排便，肛门处病变能够切除就切除。切除不掉的话，可以采取放化疗综合性的治疗，及碘125粒子植入病灶处内放疗治疗。出现肝转移可以采取氩氦刀冷冻消融及介入栓塞治疗。