孕酮对怀孕初期的胎儿着床是会有一定的影响的，因为如果是本身就存在黄体功能不全的情况，子宫内膜就得不到孕激素的作用，就不利于受精卵着床。所以常常就会导致不孕症的问题或者是早期流产的可能性，但是这样的几率是非常低的。
因为只要是月经相对规律，正常的女性基本上都不会存在黄体功能不全的问题。在怀孕初期如果检查到孕酮的水平偏低，一般都只是属于个体差异，并没有特别的意义，基本上是不会影响怀孕的结局的。除非是孕酮水平太低了，是代表胚胎的质量不好，胚胎不发育而导致孕酮下降。