脑出血应用微创治疗的弊端包括以下几方面：
1.脑出血引流不彻底，血肿不能完全充分引流出来，尤其是颅内有出血伴有血凝块可能就会引流比较少，达不到减压的效果，病情就会得不到有效控制。
2.微创手术之后引起颅内感染，尽管微创手术是一个创伤比较小的手术，仍然有引起颅内感染的可能性。
3.如果脑出血量比较大，出血的位置比较深，微创手术同时也会损伤周围重要的血管和神经，出现相应的功能障碍。
4.微创手术视野不够开阔也会影响手术的效果，虽然微创手术有一定的弊端，但是微创手术具有损伤小、恢复速度快，相比开颅手术有一定的优势。