脑出血的微创手术风险主要有手术当中出血的风险、麻醉风险、手术之后的出血风险以及感染风险。
脑出血的微创手术是最近几年成熟发展起来的神经外科新技术，优点在于创伤比较小，缺点在于出血难以控制，切口非常小，颅骨上只有一个孔，如果发生颅内出血，止血是比较困难的。脑出血微创手术通常也需要全麻，也就存在全麻的麻醉风险。手术以后可能会出现迟发性出血，因此需要在手术以后24小时以内复查头颅CT。
另外，所有的脑部手术都存在颅内感染的风险。