妊娠合并症会导致胎儿畸形。妊娠合并症包括：妊娠合并心脏病、妊娠合并高血压、妊娠合并糖尿病、妊娠合并病毒性肝炎、妊娠合并性传播疾病、妊娠合并血液系统疾病、妊娠合并甲状腺疾病、妊娠合并急性阑尾炎、急性胰腺炎等。
如果不及时干预可能会导致胎儿畸形，妊娠期糖尿病不积极控制血糖可导致胎儿畸形或者死胎。妊娠合并心脏病可引起胎儿心脏发育异常。妊娠合并性传播疾病可引起新生儿淋菌性结膜炎、肺炎甚至败血症。
妊娠合并梅毒可引起新生儿先天梅毒。妊娠合并生殖器疱疹可引起新生儿中枢神经系统疾病。妊娠合并甲状腺功能减退症，可引起胎儿智力低下、先天性缺陷。