先天性短食管是一种发育异常的疾病，并发症有以下几种：
首先，常常并发胃食管反流病，先天性短食管的患者一部分胃会位于膈肌之上，抗反流的屏障功能明显减弱，患者会经常发生胃酸反流的现象，长时间会导致反流性食管炎的发生，患者出现明显的反酸、烧心，严重时甚至影响睡眠。
其次，还会并发食管狭窄，患者出现明显的吞咽困难，可以做电子胃镜或消化道造影明确诊断。
此外，先天性短食管容易发生误吸，导致吸入性肺炎、肺不张等呼吸系统疾病。
因此，这类患者需要及时手术治疗。