治疗堪萨斯分枝杆菌感染，主要采用多种药物治疗，长期、足量联合应用多种药物，多种抗结核药与抗生素等联合应用。该病需要患者长期配和医生坚持治疗，可用米诺环素、环丝氨酸、乙硫异烟胺、吡嗪酰胺等治疗。
当出现淋巴结炎需要手术切开引流时，要进行手术治疗，经正规治疗后疾病病情能够得到控制。在日常生活中要注意保持皮肤清洁，防止皮肤损伤部位感染，术后患者要注意观察引流情况。
出现恶心、呕吐、头痛等反应时要及时和医生沟通，停药或更换药物，定期检测肝功能、肾功能。提倡进行定期复查，对于疾病能够早发现、早诊断、早治疗。